Frances é uma aspirante à bailarina que divide um apartamento com sua melhor amiga e aspirante à editora, Sophie. As duas se dão muito bem e são melhores amigas. Mas Sophie diz a Frances que irá morar com outra amiga, e deixa a companheira meio à deriva.
Frances Ha é um sobre que aborda diversos temas, como vida de solteiro, amizade, zona de conforto e independência. A medida que vemos a trajetória de Frances como bailarina, percebemos as consequências das escolhas que ela faz, nem sempre muito sábias.
Depois que sua melhor amiga Sophie a deixa na mão, ela vai morar com dois solteiros que conhece em uma festa através da amiga, Lev e Benji. Os dois dividem um apartamento e incluem Frances na partilha do aluguel. Os três conseguem conviver muito bem, cada um perseguindo seus próprios sonhos e interesses. Lev é fotógrafo, Benji escreve skits para o Saturday Night Live e Frances tenta a sorte no balé, sua paixão.
Apesar de ser bastante dedicada a sua arte, Frances é dispensada da companhia na qual dança, e a partir daí, sua vida entra em parafuso.
Ela vai morar com uma conhecida do balé, Rachel, da qual não gosta muito, mas se esforça para ter um bom relacionamento com ela, tentando até mesmo emular brincadeiras que fazia com Sophie, como lutar "de brincadeirinha", o que não agrada nem um pouco a Rachel, que vê a brincadeira como de mau gosto.
Num jantar com os amigos de Rachel, ela é oferecida a chave do apartamento de um casal em Paris, depois que demonstra um interesse na cidade. Sem pensar muito, ela aceita, indo passar um fim de semana na cidade das luzes inteiramente sozinha. É a partir desse momento que ela percebe que tem que reformular sua vida.
Voltando de Paris, ela passa alguns dias na casa dos pais, onde recupera as energias. Logo em seguida, arranja um emprego servindo vinhos em uma festa. É onde reencontra sua amiga Sophie, que não está muito feliz no casamento com Patch, com o qual foi morar no Japão, desistindo de seu sonho de trabalhar com livros. As duas fazem as pazes e redescobrem o valor da amizade.
Frances então arranja um emprego como coreógrafa do balé onde dançou, fazendo um ótimo trabalho e descobrindo sua verdadeira vocação. No fim, vemos quando ela aluga um apartamento sozinha, simbolizando a aquisição de sua independência tanto física quanto emocional.